נושא ההפרדה בין המינים בקווי התחבורה הציבורית, גרר פולמוס ציבורי ותפס מקום נכבד בכותרות החדשות במהלך השנים האחרונות. הפולמוס התקיים לא רק במרחב הדיון הציבורי, אלא גם בתוך קווי מהדרין עצמם, וגלש לעיתים לאלימות. מציאות כזו מעלה שאלות רבות ומגוונות. אחת השאלות מרכזיות שעלתה היא שאלת המימון הציבורי ותמיכת המדינה בהסדר כזה. שאלה זו לצד שאלות נוספות נדונו בוועדה הציבורית שהוקמה לצורך העניין בעקבות עתירה שהוגשה לבג"ץ בשנת 2007. ע"פ המלצת בג"צ הוקמה וועדה בראשות מנכ"ל משרד התחבורה לבדיקת הנושא. בסוף שנת 2009 הגישה הוועדה את מסקנותיה, הוועדה נזהרה ממתן לגיטימציה לרעיון ההפרדה אך עם זאת ציינה הוועדה כי אין פסול בהפרדה אם זה רצון הציבור בו הקווים עובדים. אולם קביעת השופט אליקים רובינשטיין היא כי עצם ההפרדה אינה לגיטימית בשל עקרון השוויון אולם מאחר ויש אוכלוסייה של ציבור שלם שמעדיפה לנהוג כך יש להתיר בקווים מסוימים המשמשים אותם בשגרת היום יום. בית המשפט נתן אפשרות להפעלת קווים מסוימים אך ללא סימון הקו כקו מהדרין ובקביעה כי כל נוסע ראשי לעלות לאוטובוס ולשבת היכן שיחפוץ וההפרדה נעשית בהסכמה.